Корректно: в Пустоше (ср. каша, в каше), в Пустошах (ср. в Мытищах).
Название без родового слова пустошь, по всей видимости, должно склоняться (посреди Коммона), но лучше не убирать родовое слово. Этот географический объект мало известен, и поясняющее слово необходимо, чтобы понять, о чём говорится: посреди пустоши Коммон.
Лучше перестроить предложение, например: В конце этого пути нечто худшее, чем пустота, – зря потраченное время.