Реплика диалога вполне может быть оформлена как конструкция с прямой речью:
— Он сказал: «Нам это не нужно».

Вы правильно оформили предложение с прямой речью внутри авторских слов.

Вопрос непростой. Вообще сочетание со словом голос вполне может использоваться как вводящее прямую речь, как в примере Голос диктора звучал отчетливо: «Передаём последние известия». Наблюдения над материалами Национального корпуса русского языка показывают, что сочетания структуры «чей-либо голос звучал/звучит как-либо» часто именно так и используются, в том числе внутри или после прямой речи, например (приведем фрагменты из текстов разных веков): «Лала, — голос графа звучал еще строже, — малярии на Корфу не бывает» [А. В. Амфитеатров. Жар-цвет (1895)]; «Шепетуха!» — голос Мырлова звучал негромко, но с таким змеиным шипением, что каждое слово сыщика было слышно в самом дальнем уголке квартиры [Н. Дежнев. Год бродячей собаки (2002)].

Вместе с тем нужно заметить, что порядок слов в этом случае нехарактерен для сочетания, вводящего прямую речь: глагол в нем не вынесен в начальную позицию. Закономерно, что в некоторых примерах из корпуса сочетание представлено как комментарий к прямой речи, начинающийся с прописной буквы, сравним: «Алле! Фадя? — Голос жены звучал бодро. — Как дела?» [Д. Н. Каралис. Случай с Евсюковым (1985)]; «Вам, девушка, мотоцикл нужен?» — Голос мальчишки звучал робко и тихо [Е. Романова, Н. Романов. Дамы-козыри (2002)].

Примеры обсуждаемого сочетания с «образцовым» для таких случаев порядком слов в корпусе тоже есть, сравним: «Ты думаешь еще, — звучал в ее ушах голос продавца амулетов, — что все эти твои помощники разрозненны, что нужен человек, который соединил бы их и сделал бы решительный шаг…» [М. Н. Волконский. Брат герцога (1895)]; «Все документы на груз оказались в полном порядке, но акцизные марки на бутылках вызвали подозрение», — звучал за кадром голос комментатора [В. Мясников. Водка (2000)]. В авторских ремарках подобного рода делается акцент на самом факте произнесения слов, тогда как в замечаниях типа голос графа звучал еще строже — на том, ка́к они говорились.

Исходя из порядка слов в авторской ремарке структуры «чей-либо голос звучал/звучит как-либо», рекомендуем всё же начинать ее с прописной буквы, а прямую речь заканчивать вопросительным, восклицательным знаком или многоточием:
— О, привет! — Мой голос звучит немного оживленно. — Как дела?

В точности такие случаи не представлены в справочниках. Впрочем, исходя из правила «Если между двумя репликами одного и того же говорящего лица находится текст от автора, то ни этот текст, ни последующая прямая речь в отдельные абзацы обычно не выделяются», полагаем, что приведенное оформление корректно. Добавим, что если в дальнейшем собеседник подхватывает новую тему разговора, то уместно оформление нового фрагмента прямой речи с абзаца:
— Я не так уж хорошо его знаю.
Чтобы сменить тему разговора, поспешно продолжаю:
— Кстати, в субботу я иду в кино с Дженни.

Предложение с прямой речью внутри авторских слов оформлено корректно.

При оформлении прямой речи слово, в том числе и аббревиатура, сохраняет свой графический облик: Я изучаю код ДНК.

Такого правила не существует. Конечно, вариант с запятой после кавычек правилен. Можно предположить, что рецензент вспомнил правила оформления прямой речи, где запятая действительно не ставится после закрывающих кавычек перед словами автора, если прямая речь оканчивается восклицательным знаком. Но это правило касается именно прямой речи, а не любых слов, заключенных в кавычки.

В примере из справочника Д. Э. Розенталя глагол побежал обозначает действие, не сопровождающее слова, а следующее после того, как они были сказаны. В Ваших же примерах говорится о мимических и прочих движениях, обычно сопровождающих речь, неотделимых от нее, поэтому рекомендуем оформить их как обычные конструкции с прямой речью, выдвинув глагол в начальную позицию:
— Ирина, вы рассержены? — нахмурил он лоб.
— Придётся брать наугад, — вздохнул он с преувеличенной досадой.
См. также ответ на вопрос № 326441.

Корректны варианты:

Я улыбнулась в ответ:
— В таком случае нам лучше расстаться.
И отвернулась.

Я улыбнулась в ответ: «В таком случае нам лучше расстаться» — и отвернулась.

Да, запятая после оборота с предлогом кроме должна быть поставлена. Обратите внимание на варианты оформления чужой речи:

«Кроме сладостей, есть всякие развлечения и игры», — подчеркнул главный технолог (конструкция с прямой речью, дословная передача высказывания);
Кроме сладостей, есть всякие развлечения и игры, подчеркнул главный технолог (конструкция с вводным предложением, передача содержания высказывания).