Употребительнее: проектный институт.
Вы имеете в виду форму, в которой должно стоять сказуемое при таком подлежащем? Сказуемое в таких случаях согласуется с родовым словом (предприятие). Например, верно: Государственное унитарное предприятие "Научно-исследовательский и проектный институт Генерального плана города Москвы" провело конференцию...