В этом предложении нет присоединительного оборота и сочетание в том числе не выделяется запятыми.

Действительно, в данном случае возможны обе трактовки слов автора: 1) как отдельного предложения (и тогда верно их написание с прописной буквы), 2) как сочетания с глаголом, вводящим прямую речь (глагол грозить, обозначающий жест, вполне может использоваться как заменитель глагола речи). Согласимся, что первая трактовка уместна, если слова и жест не одновременны, а вторая — если одновременны. Заметим при этом, что во втором случае нужно изменить порядок слов, выдвинув глагол в начальную позицию:

— Следи-ка за братиком повнимательнее, он уж больно заинтересованно на утюг смотрит, — грозит пальцем мама Наташе.

Выделение запятыми оборота с предлогом согласно факультативно.

Для точного ответа не хватает контекста, но если речь идет об обозначении длительности чего-либо, то возможны оба варианта. Предлоги с и от в таких случаях синонимичны, при этом, как указано в справочнике «Управление в русском языке» Д. Э. Розенталя, у предлога от появляется добавочное значение исходного момента.

И всё-таки после союза при этом, в данном случае соединяющего предложение с предшествующим контекстом, запятая не ставится. При чтении предложения после него может возникать пауза, но в русском письме не каждая пауза отмечается запятой.

В предложении три обстоятельства образа действия: открыто, в одиночку и не страшась. Они однородны и должны быть отделены друг от друга знаками препинания. При этом, поскольку два последних обстоятельства отделены от первого другими словами (сочетанием против врагов), они образуют особую группу, которую уместно оформить как присоединительную конструкцию: Он вышел открыто против врагов — в одиночку, не страшась.

Слово период многозначно. В текстах (в частности, в научных) указание на временно́е понимание периода может быть обусловлено представлениями о таких качествах речи, как точность и ясность.

Запятая здесь действительно нужна, она отделяет изъяснительную придаточную часть как сильно от глагола не поверишь. Заметим при этом, что между частями бессоюзного сложного предложения наблюдаются присоединительные отношения, выражаемые с помощью тире: Тоже скучал — не поверишь, как сильно!

Вы правы, от имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна; конечный мягкий знак при этом, как правило, опускается. Но от имени Эмиль образуется отчество Эмильевич. Такое написание отчества закреплено академическим «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. Как в свое время объяснял В. В. Лопатин, наличие этого исключения связано с тем, что в нашей истории было два великих Эмильевича — Осип Мандельштам и Всеволод Мейерхольд. Их отчество пишется с мягким знаком, и именно в таком написании благодаря им оно закрепилось в нашей культуре и в нашем языке.

Ваш вопрос мы передали О. Е. Ивановой, ведущему научному сотруднику Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, одному из авторов и редакторов «Русского орфографического словаря».

Ольга Евгеньевна предлагает обратить внимание на то, что если в первом издании академического «Орфографического словаря русского языка» (1956) дубрава и дуброва даны в одной словарной статье, то в более позднем издании (1974) эти статьи разделили, и слова дубрава и дуброва с тех пор идут друг за другом, вводя за собой свои производные. У дубровы этих производных больше (в словаре дано дубровка «растение» и дубровник «растение; птица», а ведь есть еще многочисленные топонимы). По мнению нашего консультанта, сейчас дубрава и дуброва не взаимозаменимы, как это было в XIX в., и трудно согласиться, что это просто «слова с вариативным написанием». Как просто обозначение рощи дуброва — устаревшее слово для современного городского человека, оно имеет ореол поэтичности (это связано с тем, что оно больше употреблялось в прошлом и в поэзии), но при этом, судя по данным Национального корпуса русского языка, в некоторых современных текстах дуброва встречается; оно распространено и на юге России.

В какой мере слово дуброва сейчас можно назвать устарелым или областным? «Углубление в эту проблематику, — пишет Ольга Евгеньевна, — имеет косвенное отношение к задачам орфографического словаря. Это вопрос словоупотребления и жанра текста. А с точки зрения орфографической у нас всё нормально, мы следуем программе словаря. См. Предисловие к первому изданию «Русского орфографического словаря», с. 5: «Фонетические и грамматические варианты слов, имеющие различия в написании, помещаются в составе одной словарной статьи и соединяются союзом и, напр.: бива́чный и бивуа́чный; козырно́й и козы́рный; кайла́ и кайло́; макроцефа́лия и макрокефа́лия, циду́ла и циду́ля. Варианты, занимающие различные места в общем алфавите, приводятся повторно. Все иные варианты слов (различающиеся семантически, стилистически, а также устарелые) приводятся на своих алфавитных местах, как правило, без взаимных ссылок».