Запятые нужны. Деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится.
В предложении обособлен пояснительный оборот после ознакомления с конфигурационными файлами.