Да, нужно выделить эти слова запятыми.

Верно: в бухте Средней. Подробнее см. в "Письмовнике".

Слово Приморье образуется приставочно-суффиксальным способом: к основе слова море присоединяется приставка при- и суффикс -j-.

Зане – то же, что «так как, потому что». Это устарелое слово, в современном русском языке оно уже не употребляется.

Это оборот собственно русский. Слово свет употребляется здесь в значении 'земля со всем существующим не ней, мир, вселенная', а клин – 'маленький участок земли малоземельного крестьянина'. Первоначальный смысл оборота свет не клином сошелся такой: «земля широка, просторна, представляет большие возможности для какой-либо деятельности». А широко известная песенная строка на тебе сошелся клином белый свет – утверждение огромной значимости любимого человека для лирического героя (все мысли замыкаются на любимом человеке, подобно тому как весь мир сходится на маленьком клочке земли).