Орфографически верно: по-настоящему-то.
Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.
В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте.
В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.
1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.: В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.
2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.
Корректная пунктуация: Ты понимаешь, что читаешь по-настоящему хорошую книгу, когда каждые пару минут останавливаешься, просто чтобы сказать: "Вау!"
Запятая не ставится, поскольку союз и соединяет однородные придаточные предложения.
Возможный вариант: Их вклад в историю до сих пор не оценен по-настоящему, и в частности в отношении развития риторики.
Если определительный оборот стоит после указательного местоимения, запятые обычно не ставятся. Корректно: сейчас все меньше и меньше этих по-настоящему качественных продуктов.
Нет, не нужна.
Наречие пишется через дефис: по-настоящему.
Вы совершенно правы.
