Предложение не вполне ясно. Возможно, имеется в виду: Назначение препаратов, имеющих более дешевые, но равные по эффективности аналоги.

Следует писать раздельно: ...не используемые по назначению.

Внутри причастного оборота запятые в конструкции с такой... как ставятся по общему правилу: Назначение биотина эффективно при нарушениях обмена веществ, обусловленных мутациями в генах таких ферментов, как биотинидаза, синтетаза голокарбоксилаз, пропионил-КоА карбоксилаза.

Увы, подобрать более удачный перевод для слова challenge довольно трудно. А приведенный Вами заголовок, действительно, плох своею двусмысленностью. Здесь слово вызов можно было бы заменить синонимом испытание.

Смысловая разница незначительная: антибактериальные салфетки - предназначенные для борьбы с бактериями; салфетки с антибактериальным эффектом - имеющие, возможно, дополнительный эффект в виде борьбы с бактериями (т. е. это не их основное назначение).