Правильно: колпачки – 2 шт., ручки – 5 шт., ластик – 2 шт. или колпачки – 2 шт.; ручки – 5 шт.; ластик – 2 шт.
Указано -- форма причастия среднего рода. Эта форма не соответствует подлежащему (слово номер мужского рода). Форма указано может употребляться со словами среднего рода, например: Содержимое указано на этикетке.