Верно в р. п. мн. ч.: помидоров.
Правильно: много помидоров.
См. в "Искать на Грамоте" на нашем портале.
Нет, это не омонимы. В сочетании красный командир прилагательное изменило свое значение.
Просим Вас обратиться к электронным словарям нашего портала (окошко «Проверка слова» вверху этой страницы).
Связь опосредованная: и в том, и в другом слове есть "яблочный" корень (pomme, apple).
Правильно: 2 кг помидоров.