Части речи не нужно подчеркивать. Подчеркиваются (при синтаксическом разборе) члены предложения.

Возможный вариант: При выборе этого варианта вам нужно будет также указать, в каких случаях следует подчеркивать названия значков: "Подчеркивать подписи значков" для всех значков и "Подчеркивать подписи значков при наведении" для значка, на который наведен указатель мыши.

Да. Предлоги не могут выступать как самостоятельные члены предложения, однако они употребляются в составе предложно-падежной группы, совместно с формой падежа выражая определенное значение. Поэтому предлог принято подчеркивать вместе с существительным, к которому он относится. При этом необходимо обратить внимание на случаи, когда предлог и существительное разделены прилагательными или причастиями, например: вместо старшего брата. В этом случае ошибкой будет подчеркивание предлога вместе с прилагательным как определения; подчеркивание должно быть следующим: вместо старшего брата.

Ошибки в обоих случаях нет, однако...

Односоставное предложение имеет только один из главных членов. Главный член в нем независим, поэтому некорректным было бы характеризовать главный член любого односоставного предложения в терминах двусоставного — как сказуемое или подлежащее. Однако в школьной практике (в ряде учебников) сохраняется традиционная классификация односоставных предложений: с главным членом — сказуемым и с главным членом — подлежащим.

Пунктуация верна.

Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать.