Пунктуация верна.

Такой метод называется историческим или сравнительно-историческим.

Глагол подходить в значении "оказаться соответствующим кому-, чему-л., годным для кого-, чего-л." не требует предлога, например: это платье подходит маме. Поэтому верно: Подходим идеально мы друг другу.

Выбор предлога зависит от контекста и смысла словосочетания.

Верно: медиаориентированный подход.

Именно с предлогом к употребляется глагол подходить в выражении, сообщающем о том, что нечто хорошо сочетается с чем-либо. 

Оба варианта возможны, выбрать следует исходя из контекста.

Оба варианта разбора возможны. Первый основан на современных живых словообразовательных связях слов (прилагательное заповедный образовано от глагола заповедать). Такой вариант разбора представлен в «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова. Второй получается при более этимологичном подходе к морфемному анализу слова. Такой подход принят в орфографии.  

Используются оба глагола.