Орфографическая разница связана с суффиксом первой части. Слово плодово-ягодный пишется по правилу: сложные прилагательные с сочинительным отношением основ и суффиксом в первой части пишутся через дефис, см. также здесь. Слово плодоягодный из словарной области, так как суффикса в первой части нет, см. также здесь.
Разница словообразовательная: с суффиксом -ов- (слово плодово-овощной образовано от прилагательных плодовый и овощной) и без него (от существительных плод и овощ с последующей суффиксацией "н"). От этого зависит написание.
Разница словообразовательная: слово плодово-овощной образовано от прилагательных плодовый и овощной, а плодоовощной от существительных плод и овощ с суффиксом -н- (возможно, в истории языка – от существительного плодоовощ(и) с помощью суффикса -н-) Слово с суффиксом в первой части (-ов-) пишется через дефис, без суффикса – слитно.
Слово плодово-овощной употребляется крайне редко и в толковых словарях не фиксируется.
Верное написание - слитное, вне зависимости от контекста: плодоовощные.
