Верно: К тому же в них содержится много витаминов и клетчатка, улучшающая пищеварение.
Целесообразно оформить часть предложения как вставку: При длительном отсутствии зубов — неважно, одного или нескольких, — нарушается пищеварение.
Лучше: способствует пищеварению, улучшает пищеварение. Способствует улучшению - избыточное сочетание.