Правильно: носков. Некоторые словари признают правильной также форму носок.
Обособление будет уместным.
Верно: две пары носков.
Такое словоупотребление характеризуется как разговорно-просторечное.
Да, -леп-/-лип-, -сед-/-сид- входят в число корней с чередованием гласных.
Правильно: кризис супружеской пары Ивана и Маши.
Предпочтительно: две несчастливые пары наконец встретились.