Да, эта мужская фамилия склоняется. Возможно адъективное склонение (по образцу прилагательных, как, например, слово карий: Парего, Парему и т. д.) и субстантивное склонение (по образцу существительных, как, например, слово кий: Пария, Парию и т. д.). Здесь право выбора типа склонения – за носителем фамилии.

Мужскую фамилию Палий нужно склонять.

Запятая не нужна.

Корректно: файлы сохраняются (где?) в папке.

Согласимся с Вами: выражение кажется неудачным. Писаный запрет на такое употребление нам неизвестен. Возможно, препятствует восприятию выражения как нормального то, что мамой, папой, родителем человек становится один раз и уже навсегда, это не временное состояние, как, например, замужество. Сочетание второй раз стала женой нормально, так как предполагает, что первый брак закончился.   

Правильно: в количестве 31 коробки и 15 папок.

В тексте вставной конструкции сохраняются необходимые для нее запятая, восклицательный и вопросительный знаки, многоточие, двоеточие, а точка переносится за закрывающую скобку: У противоположной стены располагался папин кульман (знаете, что такое кульман? Ушло слово в прошлое).

Следует использовать собирательное числительное: трое пап.

Лучше: ...называют мамой и папой.