Кавычки не требуются: отец математики (то же, что родоначальник, основоположник).
Да, тире нужно, если слово отец не является обращением.
Кавычки уместны.
Да, дефис при приложении нужен: сын-генерал, отец сына-генерала.
Здесь действительно нужно поставить закрывающую запятую, только не после причастного оборота, а после определительного придаточного с союзным словом который. Для оптимизации пунктуационного оформления высказывания рекомендуем заключить вставную конструкцию в скобки, а не в двойные тире: ...монастырь, на настоятеля которого он возлагал столько надежд (и небезосновательно, отнюдь не безосновательно!), разграблен и сожжён викингами, настоятель убит.
По основному правилу тире не требуется.
Можно поставить интонационное тире, если на его месте делается выраженная пауза.
Запятые в обоих случаях не нужны.
