Да, при употреблении без родового слова (ОАО) корректно написание без кавычек: Обуховский завод (это не условное наименование, поэтому кавычки не нужны).
Вопросы словообразования и деления слова на морфемы всегда сложны, так как зависят от точки зрения того или иного ученого. Если считать, что прилагательное отцовский образовано от прилагательного отцов, то в нем следует выделять два суффикса (-ов- и -ск-), а если полагать, что отцовский образовано прямо от существительного отец, то в нем обнаруживается только один суффикс -овск-. Ср.: банковский, мартовский, нэповский и т. п.