Частица НЕ является частью союзного оборота ХОТЯ И НЕ, поэтому уместно раздельное написание.
1. Верно. 2. Ударение падает на первый слог.
Занятый – причастие, обозначает временный признак: занятый кубиками малыш. Занятой – прилагательное в значении 'не имеющий свободного времени, обременённый делами, работой', обозначает постоянный признак: вечно занятой отец.
Эти словосочетания составлены некорректно.