Требуется тире: По сообщениям, над районным центром — городом Нижний Ломов и прилегающей к нему сельской местностью ожидается гроза.
Что касается склонения названия, то справочники дают разные рекомендации. На практики названия из двух слов при употреблении с родовым словом город чаще не склоняются.
В случаях, когда каждый абзац перечня нумеруется цифрой с точкой, текст после цифры пишется с большой буквы (то есть Г. Нижний Новгород). В конце каждого пункта также ставится точка.