В значении 'фактически' не требует обособления, в значении 'действительно' выделяется как вводное.
Запятая нужна. Прилагательное нужно поставить в другую падежную форму: дел, аналогичных...
Правильный вариант с отрицанием: не дал. Допустимый: не дал.
Предложение составлено неверно. Неясно, к чему относятся слова по следующему делу. Вот возможный вариант начала предложения: В деле отсутствуют документы (не подшиты и не вложены в дело, не представлены проверяющим), подтверждающие направление сообщения в военкомат о вступившем в законную силу приказе...
В придаточном уступительном предложении: Как бы сильно ветер ни дул.