Здесь возможны два варианта пунктуационного оформления, так как в зависимости от смысла одни и те же слова могут рассматриваться или не рассматриваться как уточняющее обстоятельство: Справа, внизу, (то есть в каком именно месте правой части пространства) лежал мяч — Справа внизу (то есть в правой части низа) лежал мяч.  

Запятые нужны: Узнать пациентов можно, только взглянув за них. Хуже, чем на кладбище.

Вместе с - предлог. Вместе с лосями - дополнение.

Сочетание как ему удобно не относится к фразеологизмам. Сочетание как есть может быть цельным по смыслу в выражении оставить всё как есть (= оставить в прежнем состоянии), но в данном случае оно представляет собой придаточное предложение: ...на самом деле за этим скрываются заранее упорядоченные, “подтасованные”, как ему удобно, чувства и мысли, которые никогда не показывают себя так, как есть.

Да, сочетание Ох уж этот (эта, это, эти) можно рассматривать как цельное. Например, именно так оно представлено в «Русском орфографическом словаре» на нашем портале.

Да, это цельное по смыслу выражение.

Отправная точка Вашего рассуждения — утверждение, будто словосочетание сердце погоста является неделимым. Но здесь неизбежно возникает вопрос: на каком основании делается это утверждение? Кижский погост, как и Преображенская церковь, — цельные собственные наименования, они действительно являются синтаксически неделимыми словосочетаниями. Сердце погоста таким наименованием не является. А если бы было сказано Центром Кижского погоста...; Жемчужиной Кижского погоста... — Вы тоже сочли бы словосочетания центр погоста, жемчужина погоста неделимыми? Для этого нет никаких оснований. Тот факт, что существительное сердце употреблено в переносном значении, отнюдь не является основанием для того, чтобы считать словосочетание неделимым.

Таким образом, Ваша претензия к сборнику безосновательна, относительно сказуемого в данном предложении в нем всё сказано верно.

Ваш вопрос труден, потому что приложение — вообще довольно загадочная вещь. Его трактовка как разновидности определений с теоретической точки зрения не выдерживает критики.

Однозначно можно сказать, что приложение является отдельным членом предложения, когда оно обособлено. В этом случае у приложения особая функция, отличная от функции «определяемого слова». Очень часто дополнительная функция обособленного приложения — выражение причинных отношений (Красавица и умница, Маша всегда привлекала всеобщее внимание).

Что же касается необособленных приложений (которым и посвящен вопрос), то отталкиваться нужно от того, что ключ не в неделимости сочетания, а в однофункциональности приложения и определяемого слова. Мы приехали в город: в город является обстоятельством. Мы приехали в Петербург: в Петербург является обстоятельством. Оба слова прекрасно справляются с функцией обстоятельства. Следовательно, в предложении Мы приехали в город Петербург мы имеем обстоятельство, выраженное словосочетанием с приложением. Это один член предложения. При этом никто не мешает нам указать на то, что один из компонентов распространенного обстоятельства (или другого члена предложения) представляет собой приложение по отношению к другому.

При письменном разборе мы подчеркиваем интересующее нас словосочетание как один член предложения, но надписываем над приложением «приложение» и графически показываем его зависимость от «определяемого слова». При выполнении тестов ОГЭ или ЕГЭ прежде всего анализируем постановку вопроса: предполагается или не предполагается этой постановкой особое выделение приложений.

Примечание: ответ дан с позиций университетского преподавателя. Именно этим объясняется, в частности, то, что словосочетание определяемое слово взято в кавычки: это ирония, так как очень часто невозможно решить, что является определяемым, а что — приложением (это относится и к примерам про Машу и Елену).

Возможно, специалисты по подготовке к ОГЭ/ЕГЭ, методисты и т. д. ответили бы на этот вопрос иначе. Целесообразно проконсультироваться у них.