Оба варианта корректны.
ДНК – существительное женского рода (по стержневому слову кислота). Верно: была найдена ДНК.
Верно: был найден 41 фрагмент.
Выбор зависит от смысла. Первая фраза означает, что найдена собака, а на ней был ошейник. Вторая может иметь такой смысл: найдена собака и ее ошейник, который не был на собаке.
Правильно: не найдено совпадений, удовлетворяющих требованиям.
Наречие наедине может быть употреблено без поясняющих слов, но более широкий контекст все равно покажет, что речь, например, идет о двух (как минимум) персонах; ср.: их разговор наедине; они долго молчали, оставшись наедине. У этого наречия основная смысловая задача — отметить чье-либо единение и уединение. Поэтому обычно и подразумеваются, и упоминаются два (или более) «участника» описываемой ситуации. Если используется фраза мне нужно побыть наедине, то очевидно, что слушателю или читателю понадобятся пояснения: что значит — наедине? с кем наедине?
Верно: надеть брюки, надеть платье. Норма не менялась. Вы излишне категоричны, утверждая, что "все говорят иначе".
Такого слова нет в русском литературном языке. Есть слово аляповатый.