Оба варианта корректны.

ДНК – существительное женского рода (по стержневому слову кислота). Верно: была найдена ДНК.

Верно: был найден 41 фрагмент.

Выбор зависит от смысла. Первая фраза означает, что найдена собака, а на ней был ошейник. Вторая может иметь такой смысл: найдена собака и ее ошейник, который не был на собаке.

Наречие наедине может быть употреблено без поясняющих слов, но более широкий контекст все равно покажет, что речь, например, идет о двух (как минимум) персонах; ср.: их разговор наедине; они долго молчали, оставшись наедине. У этого наречия основная смысловая задача — отметить чье-либо единение и уединение. Поэтому обычно и подразумеваются, и упоминаются два (или более) «участника» описываемой ситуации. Если используется фраза мне нужно побыть наедине, то очевидно, что слушателю или читателю понадобятся пояснения: что значит — наедине? с кем наедине?

Верно: надеть брюки, надеть платье. Норма не менялась. Вы излишне категоричны, утверждая, что "все говорят иначе".

Такого слова нет в русском литературном языке. Есть слово аляповатый.

Слова в словарях (как печатных, так и электронных) всегда даются по начальной форме. Для прилагательных это форма мужского рода, единственного числа, именительного падежа. Искать надо слово неотъемлемый.