Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.
Если в предложении нет противопоставления (не начисление премии, а...), правильно слитное написание.
Правильно раздельное написание.