Кавычки уместны в тексте для неподготовленного читателя, не знакомого с этим термином. Если текст адресован читателю, которому должно быть известно сочетание мягкие навыки, кавычки можно опустить.
Это не тавтология, но плеоназм (лексическая избыточность высказывания), т. к. навык вредным не бывает (тавтология – неоправданное соседство однокоренных слов: следует отметить следующие особенности текста).
Правильно: коррекция нарушения навыков чтения и письма.
Указанная запятая ставится.
Обратитесь на сайт familii.ru
Пунктуация верна, однако предложение содержит логическую погрешность: вряд ли знание можно назвать навыком.
Правильно с НИ.
Корректно: 1-й, 2-й, 3-й группы (если цифры в Вашем примере обозначают порядковые числительные).
Запятая перед что не требуется.