Причастный оборот выделяется запятыми: Это не просто повседневные, бесконечные бытовые заботы, вихрем наваливающиеся на человека, — нет, всё хуже: всё — быль и всё — небыль. Последние два тире необязательны.
Верно:
1. После того как он попросил прощения, всё стало налаживаться.
2. История эта началась после того, как в село приехал новый учитель.
Подробно о пунктуации в конструкциях с составными подчинительными союзами читайте в "Справочнике по пунктуации".