Верно: российский МИД.
Верно: МИД рекомендовал.
Аббревиатура МИД склоняется в разговорной речи и не склоняется в официальном употреблении. Поэтому в строгих, официальных контекстах верно: в МИД, в разговорной речи корректно: в МИДе.
В образцовой литературной речи предпочтительно: российского МИД. В разговорной речи возможно: российского МИДа.
Да, опорное слово в этой аббревиатуре – министерство – среднего рода. Однако из-за своего внешнего фонетического облика МИД воспринимается не как аббревиатура со стержневым словом среднего рода, а как обычное существительное мужского рода (мужской род у слова МИД зафиксирован в словарях русского языка – см., например, «Большой толковый словарь русского языка» С. А. Кузнецова, справочник Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской «Грамматическая правильность русской речи» и др.). Подобная трансформация произошла не только с МИД: форму мужского рода приобрели такие аббревиатуры, как НЭП, ВАК, ТАСС (ТАСС уполномочен заявить), вуз (верно: мой вуз, никто не скажет моё вуз) и др.
Оба варианта соответствуют грамматической норме.
