В первом случае запятая факультативна, во втором - нужна.
Громко кивнуть вряд ли получится, но можно что-то говорить и при этом кивнуть головой.
Запятая поставлена правильно.
Традиционно при описании движений головы в ситуации, когда человек выражает свое несогласие с чем-либо или с кем-либо, используют обороты с глаголом мотать: он отрицательно мотал головой, она опровергающе замотала головой.