Правильно: за Можай. Слово Можай пишется с большой буквы (в орфографическом словаре на нашем портале была устаревшая рекомендация, исправили). Написание Можай закреплено в «Русском орфографическом словаре» РАН (4-е изд. М., 2012).
Лучше всего: в Можайске. В канцелярской речи – в г. Можайске, в городе Можайске. Варианты в г. Можайск, в городе Можайск не соответствуют литературной норме.