Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант. 

Это разные слова. Кипрский – прилагательное от Кипр (например: кипрская столица). Киприотский – относящийся к киприотам (жителям Кипра), принадлежащий, свойственный им (например: киприотские песни).

Эти сочетания пишутся без кавычек.

Принято написание без наращения.

Увы, здесь возможны оба варианта толкования. 

Корректно использование тире: морской водоём ― охладитель, водоём ― охладитель АЭС, рыбы ― хозяева Kudoa. 

Запятую следует поставить.