Орфографически верно: ученицы МОУ «Медянская СОШ».
Верен первый вариант.
Словосочетание протекание болезни возможно, однако предложение лучше исправить: суждение «из-за протекания болезней работа никогда не будет монотонной» весьма странное в логическом отношении.