Разница примерно такая же, как между прилагательными российский и русский: первое больше связано с государственностью, второе – с народностью. Например: латвийский лат (не латышский), но латышский язык (не латвийский). Ср.: российский рубль, но русский язык.
Прилагательное уфимский уникально. В прочих прилагательных, образованных от подобных географических названий, используется согласный Н: арагвинский, тувинский, увинский.