Так как услуги по перевозке грузов включены в перечень товаров, услуг, закупаемых централизованно в ООО "Ромашка" (Приложение 1), данный лот был снят с рассмотрения...
Верно: количество лотов.
Для написания этих слов с прописной оснований нет. Верно: гражданский воздушный флот.