Во избежание разночтений и грамматических дилемм в деловом (судя по всему) тексте рекомендуется сопроводить наименование родовым словом и с ним согласовывать сказуемое, например: Компания «Кубань – Промышленные инновации» выходит в перспективную рыночную нишу.
Слово Кубань (и как название реки, и как название региона) во всех случаях пишется с прописной буквы.
Возможен первый или второй вариант.
Второй вариант предпочтителен.