Оба варианта возможны, следует выбирать исходя из контекста.
Кристина – западный вариант имени Христина, восходящего к греческому христианос "христианин".
Второй вариант верен.
Фамилия склоняется.
Лучше написать так: договор с индивидуальным предпринимателем Наумовой Кристиной Борисовной.
Знаки препинания стоят верно.