Запятая ставится перед обращением - перед именем Сергей.
Обращение (Сергей Иванович) выделяется во всех примерах.
Да, мужская фамилия Долгун склоняется. Правильно: Долгуну Сергею Павловичу.
Правильно: «Неужели он прав?» - задумался Сергей.
Правилен первый вариант.