Нормативными словарями современного русского языка зафиксировано:
контрве́рсия; контрове́рсия (устар. к контрове́рза).
Увы, только традицией. Приставки интра- и интро- восходят к одному и тому же латинскому источнику, имеют одно и то же значение. При этом вариант интра- встречается более часто, с приставкой интро- пишутся только слова интроверсия, интродукция, интроекция, интроскоп, интросомнический, интроспекция и однокоренные с ними.