Чтобы не осталось сомнений, можно слово второго (по школьной грамматике) склонения заменить словом первого склонения, например: золотая клетка ласточку не красит. Очевидно, что существительное здесь стоит в форме винительного падежа.
Верен первый вариант: считать их со скоростью одна клетка в секунду.
Обычно эвакуация проводится на этажах, высокая температура фиксируется на этажах. Фрагмент предложения может быть изменен, ср.: высокая температура на этажах, где возник пожар и где проводится эвакуация...
Запятая не нужна.
Запятая нужна по общему правилу о запятой в сложносочиненном предложении. Оснований убрать знак нет (отсутствует общий второстепенный член, предложения не являются вопросительными и т. д.).
Указанная запятая не требуется.
Корректно: на лестничную клетку (здесь клетка - это площадка, ср.: на площадку).
