Верно: кальмары жареные в томате (сначала пожарили, затем добавили томат); кальмары, жаренные в томате (прямо в томате их и жарили).
Кальмар – существительное одушевленное. Правильно: варить кальмаров.
В обоих случаях следует писать одно н.
Два н требуется, например, в случае: томаты, тушенные с яблоками.