При использовании родового наименования (при написании организационно-правовой формы) часть наименования, заключенная в кавычки, не склоняется. 

Эти варианты равнозначны.

Правильно: Государственное казенное учреждение «Дирекция по строительству...». Название в кавычках не склоняется: в Государственном казенном учреждении «Дирекция по строительству...».

Поскольку кавычками выделяются слова непривычные, малоупотребительные, на которые автор хочет обратить внимание (Петушков «стрепенулся», а солдат вытянулся, пожелал  ему  «здравья» и вручил ему большой пакет, запечатанный казённой печатью), то, как нам представляется, в тех случаях, когда значение слова сидор прояснено контекстом (солдатский сидор, мешок-сидор), кавычки не нужны, хотя и возможны.  

Запятые не нужны.

Приведите, пожалуйста, пример интересующей Вас конструкции.