В «Большом академическом словаре русского языка» (гл. ред. К. С. Горбачевич. Т. 7. М., СПб., 2007) слово казачий приравнено по значению к слову казацкий.
Это сочетание пишется строчными буквами.
Правильно: Московский казачий кадетский корпус, Университет Российской академии образования. Написание аббревиатуры прописными буквами вовсе не означает, что слова, представляющие собой расшифровку аббревиатуры, также пишутся с прописных букв.