Это разные значения, и они приведены в словарях. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова у сочетания иметь в виду зафиксированы три значения: 1) подразумевать кого-либо, что-либо, 2) принимать во внимание, учитывать, 3) иметь намерение.
Лучше: Она выразила удовлетворение по поводу намерения.
Лучше с инфинитивом: намерение сотрудничать.
Ни один из вариантов не стоит использовать. Типичные сочетания, сообщающие о сути намерения, содержат глагол в неопределенной форме, но не существительное; например: намерение приехать, намерение выполнить, намерение купить и т. п.
Запятая нужна, однако в данном случае целесообразно заменить ее тире: Не стоит иметь дело с людьми, которые только декларируют свои намерения — и на этом их энтузиазм заканчивается.
В знач. "не содержащие преступления" - не преступные намерения.
