Употребительно: компот из вишни. Здесь "вишня" в собирательном значении.
В слове яблоня перед ня стоит не согласная, а гласная, поэтому в род. п. мн. ч. его основа оканчивается на мягкую согласную.
Оба варианта верны. Слово вишня может использоваться как собирательное существительное (например: варенье из вишни) и как название одного плода (пять вишен).
Гласный е в обоих словах входит в состав корня, суффикс в этих словах не выделяется (если опушка в значении 'край леса').