Верно: в корень зреть.

Да, слова зря и зреть 'видеть, глядеть' этимологически родственные. Зря по происхождению – деепричастие настоящего времени от зреть (т. е. буквально зря – 'глядя'). Это слово (книжное по происхождению) получило новое значение в народной речи. Н. М. Шанский предполагает, что современное значение зря 'напрасно' возникло из оборота делать на зря 'делать на глазок, как следует не рассмотрев'.

Начальная форма: зреть в корень. Однако смыл всего предложения не вполне ясен.

Существуют омонимичные глаголы:

зреть 1, зрю, зрит (смотреть)

зреть 2, зрею, зреет (созревать)

Не зря в значении "не напрасно" пишется раздельно. Наречие не требует обособления.

Если имеется в виду деепричастие от глагола зреть — то же, что "не глядя", то оно также пишется раздельно с не, но обособляется.

Правильны оба варианта (с разными значениями, разумеется), а контекст должен быть более обширным.

Лучше перестроить предложение, например: В конце этого пути нечто худшее, чем пустота, – зря потраченное время.

В этом предложении прямая речь внутри слов автора. В общем случае после такой прямой речи ставится только запятая, если она была необходима в месте разрыва вводящих слов автора (а в нашем примере она необходима, так как на этом месте оканчивается часть сложного предложения). Однако если прямая речь заканчивается многоточием, вопросительным или восклицательным знаком, вместо запятой ставится тире, сравним пример: Петр Михайлыч хотел сказать: «Не впутывайся ты, пожалуйста, не в свои дела!» – но промолчал (Ч.). Поэтому корректно: Хотя ей говорили: «Зря ты грустишь, зря не ешь и не спишь!» — она терпеливо ждала своего чуда.