Разговорное сочетание значит так (значится так) приведено в качестве цельной вводной единицы в справочнике «Трудности русской пунктуации. Словарь вводных слов, сочетаний и предложений» О. А. Остроумовой и О. Д. Фрамполь (М., 2009). Рассматривать сочетание именно таким образом правомерно, потому что его функция отличается от функции слова значит, используемого в качестве вводного. Слово значит в таком употреблении служит для связи предложений, сигналом вывода, тогда как сочетание значит так служит для привлечения внимания. Контекст, приведенный в вопросе № 327143, указывает именно на эту функцию. В вопросе № 289683 приведено самостоятельное высказывание Значит, так! без какого бы то ни было контекста. Вполне закономерно в этом случае усмотреть у слова значит функцию сигнала вывода и рекомендовать отделить его запятой.

1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

Подробно об этом см. в "Справочнике по пунктуации".

Запятая нужна.

Указанная запятая нужна.

Запятая не нужна.

Вы правы, запятая не нужна.

Указанная запятая нужна. Подробности см. в "Справочнике по пунктуации".

Запятая не требуется, в остальном знаки препинания расставлены верно.

Что значит "Я неправильно тебя понял"?