1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».
Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.
В этих словах нужно писать О, поскольку согласный, предшествующий соединительной гласной, твердый.
Правильно: дворовый крестьянин.
Постановка запятой уместна.