Правильно: Список учащихся, пропускающих занятия по ... дисциплинам.

Верно: занятия русским языком (в значении 'изучение языка') и занятия по русскому языку (в значении 'учебное время, посвященное русскому языку; уроки, лекции и т. п.').

Верно: Проведенные занятия по образовательным программам, (каким?) согласованным...

Сочетания допустимы. При выборе примите во внимание их смысловые отличия. Сочетание с предлогом в способно актуализировать идею условий, в которых проводятся занятия (ср. аналогичные обороты: занятия в аудитории, в учебном классе, в лаборатории). Сочетание с предлогом по может подчеркивать инструментальное предназначение технических средств и компьютерных программ, используемых в условиях удаленного обучения (ср. выражения проводить занятия по видеосвязи, по телефону).

В значении 'выполнение работы, связанной с чем-либо, упражнение в чем-либо' правильно: занятия чем-либо, например: свободное время для занятий физкультурой, приступить к занятиям физкультурой. В значении 'учебное время, урок' правильно: занятия по чему-либо, например: расписание занятий по физкультуре, освобождение от занятий по физкультуре. Вариант для занятий физкультуры неправильный.

Возможны оба варианта в зависимости от значения, ср.: мое хобби – занятия аэробикой (т. е. систематические, целенаправленные, регулярные). Но: иду на занятие по аэробике (т. е. одно конкретное занятие).

Русский язык, как и многие другие языки мира, характеризуется полисемией (многозначностью) слов и выражений. Выражение сто пудов метафорически выражает значение большого количества, отчего в дальнейшем и развились жаргонные наречие и вводное слово,  "точно, наверняка": Покупаем? — Сто пудов. — Вот дурацкая книга! — Сто пудов!

Корректно со строчной.

Верно: занятия русским языком (в значении 'изучение языка') и занятия по русскому языку (в значении 'учебное время, посвященное русскому языку; уроки, лекции и т. п.').