Запрета на такую пунктуацию нет, однако лучше: ООО "Радуга" (далее — Радуга), которая является аккредитованной компанией, открыла новый филиал в Москве.
Да, склоняется.
Воспользуйтесь окном «Искать на Грамоте»: введите ин и не забудьте поставить галочку у слов «Толково-словообразовательный словарь».
Вы правы, это слово общего рода. К какому роду относится слово, можно проверить, например, по академическому орфографическому словарю. Для слов общего рода там дается помета м. и ж.
Корректно: Центр досуга «Радуга» прежде всего дом для молодежи.