В подобных случаях рекомендуется (при условии, что для этого есть технические возможности) использовать кавычки разного рисунка: ООО «ПКФ "Линта"», Акционерное общество «Судоремонтный завод "Красные Баррикады"». Если же такой технической возможности нет, то закрывающие кавычки ставятся только один раз. Кавычки одного рисунка рядом не повторяются. Допустимый вариант: ООО "ПКФ "Линта", Акционерное общество "Судоремонтный завод "Красные Баррикады".
Если название филиала не склонять, то его нужно писать в кавычках. Но если все сочетание выступает как единое название организации и кавычки в нем не употребляются, то второй компонент нужно поставить в ту же форму, что и первый: поручено Рыбинскому филиалу АО «Воентелеком» – 190 центральному ремонтному заводу средств связи.
